Transition=
GG      0.9990
GE      0.0010
ER      0.9965
ES	0.0030
ES1	0.0005
RS      0.0040
RR      0.9920
MM      0.9975
MI      0.00125
MD      0.00125
II      0.00001
IM      0.99999
DD      0.0013
DM      0.9987
TransitionMI=
A       A       0.2498
A       C       0.2499
A       G       0.2509
A       T       0.2494
C       A       0.2500
C       C       0.2490
C       G       0.2502
C       T       0.2509
G       A       0.2506
G       C       0.2518
G       G       0.2490
G       T       0.2486
T       A       0.2497
T       C       0.2495
T       G       0.2511
T       T       0.2497
TransitionII=
A	A	0.3930	
A	C	0.1732	
A	G	0.2490	
A	T	0.1848	
C       A       0.1269  
C       C       0.4776  
C       G       0.2015  
C       T       0.1940  
G       A       0.1682  
G       C       0.1433  
G       G       0.5016  
G       T       0.1869  
T       A       0.2107  
T       C       0.1777  
T       G       0.1818  
T       T       0.4298  
PI=
S	0.000001	
E	0.000001
R	0.077
S_1	0.000001
E_1	0.000001
M1	0.077
M2	0.077
M3	0.077
M4	0.077
M5	0.077
M6	0.077
M1_1	0.077
M2_1	0.077
M3_1	0.077
M4_1	0.077
M5_1	0.077
M6_1	0.077
I1	0.000001
I2	0.000001
I3	0.000001
I4	0.000001
I5	0.000001
I6	0.000001
I1_1	0.000001
I2_1	0.000001
I3_1	0.000001
I4_1	0.000001
I5_1	0.000001
I6_1	0.000001