{ "residue_definitions": [ { "code": "GRA", "atoms": [ { "code": "C", "position": { "x": 0.071, "y": 0.071, "z": 0.0 } } ] }, { "code": "SIO", "atoms": [ { "code": "O1", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": 0.151 } }, { "code": "SI", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": 0.0 } }, { "code": "O2", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": -0.151 } } ] }, { "code": "SOL", "atoms": [ { "code": "OW", "position": { "x": 0.0, "y": 0.0, "z": 0.0 } }, { "code": "HW2", "position": { "x": 0.0, "y": 0.0, "z": 0.1 } }, { "code": "HW1", "position": { "x": 0.0943, "y": 0.0, "z": -0.0333 } } ] } ], "component_definitions": [ { "SurfaceSheet": { "name": "Graphene", "residue": { "code": "GRA", "atoms": [ { "code": "C", "position": { "x": 0.071, "y": 0.071, "z": 0.0 } } ] }, "lattice": { "Hexagonal": { "a": 0.142 } }, "std_z": null, "normal": "Z" } }, { "SurfaceSheet": { "name": "Silica", "residue": { "code": "SIO", "atoms": [ { "code": "O1", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": 0.151 } }, { "code": "SI", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": 0.0 } }, { "code": "O2", "position": { "x": 0.1125, "y": 0.075, "z": -0.151 } } ] }, "lattice": { "Triclinic": { "a": 0.45, "b": 0.45, "gamma": 60.0 } }, "std_z": null, "normal": "Z" } }, { "SurfaceCylinder": { "name": "Graphene Nanotube", "residue": { "code": "GRA", "atoms": [ { "code": "C", "position": { "x": 0.071, "y": 0.071, "z": 0.0 } } ] }, "lattice": { "Hexagonal": { "a": 0.142 } }, "alignment": "Z", "cap": "Bottom" } } ] }