/** * @file * * @author jeff.daily@pnnl.gov * * Copyright (c) 2015 Battelle Memorial Institute. * * This file was converted to C code from the raw file found at * ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/software/blast/matrices/PAM90, the * Center for Bioinformatics, Peking University, China. */ #ifndef _PARASAIL_PAM90_H_ #define _PARASAIL_PAM90_H_ #include "parasail.h" #include "pam_map.h" #ifdef __cplusplus extern "C" { #endif /* # */ /* # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] */ /* # */ /* # PAM 90 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 */ /* # */ /* # Expected score = -2.26, Entropy = 1.30 bits */ /* # */ /* # Lowest score = -10, Highest score = 13 */ /* # */ static const int parasail_pam90_[] = { /* A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * */ /* A */ 4, -4, -1, -1, -3, -2, 0, 0, -4, -2, -3, -3, -2, -5, 0, 1, 1, -8, -5, 0, -1, -1, -1,-10, /* R */ -4, 7, -2, -5, -5, 0, -4, -5, 1, -3, -5, 2, -2, -6, -1, -1, -3, 0, -6, -4, -3, -1, -2,-10, /* N */ -1, -2, 5, 3, -6, -1, 0, -1, 2, -3, -4, 1, -4, -5, -2, 1, 0, -5, -2, -4, 4, 0, -1,-10, /* D */ -1, -5, 3, 6, -8, 0, 4, -1, -1, -4, -7, -2, -5, -8, -4, -1, -2, -9, -6, -4, 5, 3, -2,-10, /* C */ -3, -5, -6, -8, 9, -8, -8, -5, -5, -3, -9, -8, -8, -7, -5, -1, -4,-10, -1, -3, -7, -8, -5,-10, /* Q */ -2, 0, -1, 0, -8, 6, 2, -3, 2, -4, -3, -1, -2, -7, -1, -2, -3, -7, -6, -4, 0, 5, -2,-10, /* E */ 0, -4, 0, 4, -8, 2, 6, -1, -1, -3, -5, -2, -4, -8, -2, -2, -2,-10, -6, -3, 2, 5, -2,-10, /* G */ 0, -5, -1, -1, -5, -3, -1, 5, -5, -5, -6, -4, -5, -6, -3, 0, -2, -9, -8, -3, -1, -2, -2,-10, /* H */ -4, 1, 2, -1, -5, 2, -1, -5, 8, -5, -3, -2, -5, -3, -2, -3, -3, -4, -1, -4, 1, 1, -2,-10, /* I */ -2, -3, -3, -4, -3, -4, -3, -5, -5, 6, 1, -3, 1, 0, -4, -3, 0, -8, -3, 3, -3, -3, -2,-10, /* L */ -3, -5, -4, -7, -9, -3, -5, -6, -3, 1, 6, -5, 2, 0, -4, -5, -3, -3, -3, 0, -5, -4, -3,-10, /* K */ -3, 2, 1, -2, -8, -1, -2, -4, -2, -3, -5, 5, 0, -8, -3, -1, -1, -6, -6, -5, 0, -1, -2,-10, /* M */ -2, -2, -4, -5, -8, -2, -4, -5, -5, 1, 2, 0, 9, -1, -4, -3, -2, -7, -6, 1, -5, -3, -2,-10, /* F */ -5, -6, -5, -8, -7, -7, -8, -6, -3, 0, 0, -8, -1, 8, -6, -4, -5, -2, 4, -4, -6, -8, -4,-10, /* P */ 0, -1, -2, -4, -5, -1, -2, -3, -2, -4, -4, -3, -4, -6, 7, 0, -1, -8, -8, -3, -3, -2, -2,-10, /* S */ 1, -1, 1, -1, -1, -2, -2, 0, -3, -3, -5, -1, -3, -4, 0, 4, 2, -3, -4, -3, 0, -2, -1,-10, /* T */ 1, -3, 0, -2, -4, -3, -2, -2, -3, 0, -3, -1, -2, -5, -1, 2, 5, -7, -4, -1, -1, -2, -1,-10, /* W */ -8, 0, -5, -9,-10, -7,-10, -9, -4, -8, -3, -6, -7, -2, -8, -3, -7, 13, -2, -9, -7, -8, -6,-10, /* Y */ -5, -6, -2, -6, -1, -6, -6, -8, -1, -3, -3, -6, -6, 4, -8, -4, -4, -2, 9, -4, -4, -6, -4,-10, /* V */ 0, -4, -4, -4, -3, -4, -3, -3, -4, 3, 0, -5, 1, -4, -3, -3, -1, -9, -4, 6, -4, -3, -2,-10, /* B */ -1, -3, 4, 5, -7, 0, 2, -1, 1, -3, -5, 0, -5, -6, -3, 0, -1, -7, -4, -4, 4, 2, -2,-10, /* Z */ -1, -1, 0, 3, -8, 5, 5, -2, 1, -3, -4, -1, -3, -8, -2, -2, -2, -8, -6, -3, 2, 5, -2,-10, /* X */ -1, -2, -1, -2, -5, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -4, -2, -1, -1, -6, -4, -2, -2, -2, -2,-10, /* * */ -10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10, 1 }; static const parasail_matrix_t parasail_pam90 = { "pam90", parasail_pam90_, parasail_pam_map, 24, 13, -10, 0 }; #ifdef __cplusplus } #endif #endif /* _PARASAIL_PAM90_H_ */