#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <sstream>
#include <string>
#include <cstring>
#include <deque>
#include <vector>
#include <set>
#include <algorithm>
#include <cmath>
#include <ctime>
#include <unistd.h>
#include <stdexcept>

#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>
#include <openbabel/parsmart.h>
#include <openbabel/op.h>

using namespace std;
using namespace OpenBabel;

#include "ECMol.hpp"
#include "WrapSQLite_Base.hpp"
#include "WrapSQLite.hpp"
#include "Overlap.hpp"
#include "Fragmentation.hpp"
#include "BBMol.hpp"
#include "Library.hpp"
#include "Build.hpp"


void print_usage(void)
{
  printf("merge <DB1> <DB2> <DB3>\n");
  printf("    DB1\tフラグメントDB（入力1） \n");
  printf("    DB2\tフラグメントDB（入力2） \n");
  printf("    DB3\tマージされたフラグメントDB（出力） \n");
  printf("\n");
  printf("options:\n");
  printf("  -p <arg> : フラグメントIDの接頭辞 (default \"X\")\n");
  printf("SVN# %d\n",REV);
}

int main(int argc, char *argv[])
{
  ifstream ifs;
  string identifier="frag";
  string prefix="X";
  string comment="";

  int c;
  while((c=getopt(argc, argv, "p:")) != -1){
    switch (c){
    case 'p':
      prefix=string(optarg);
      break;
    default:
      print_usage();
      exit(1);
    }
  }

  if ((argc-optind) != 3) {
    print_usage();
    exit(1);
  }

  string fdb1=argv[optind++];
  string fdb2=argv[optind++];
  string fdb3=argv[optind++];

  // SQLite
  WrapSQLite dbh;
  dbh.open(fdb3);
  dbh.init(identifier);

  // merge
  string SQL;
  SQL="attach '" + fdb1 + "' as xx";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="attach '" + fdb2 + "' as yy";
  dbh.exec_sql(SQL);

  SQL="create table tmp_s as select * from xx.frag_s";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="insert into tmp_s select * from yy.frag_s";
  dbh.exec_sql(SQL);

  SQL="create table tmp_f as select * from xx.frag_f";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="insert into tmp_f select * from yy.frag_f";
  dbh.exec_sql(SQL);

  SQL="detach xx";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="detach yy";
  dbh.exec_sql(SQL);

  // unique
  SQL="insert into frag_s select * from tmp_s group by smarts";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="insert into frag_f select * from tmp_f group by smarts";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="drop table tmp_s";
  dbh.exec_sql(SQL);
  SQL="drop table tmp_f";
  dbh.exec_sql(SQL);

  // ID
  dbh.Rename(identifier, prefix);

  // コメント挿入
  dbh.Comment(identifier, comment);
  // コメント挿入
  dbh.CountFrag(identifier);
  cout << "\tdone\n" << flush;

  dbh.close();

  return 0;
}