##fileformat=VCFv4.3 ##FILTER= ##contig= ##contig= ##contig= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##INFO= ##INFO= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT S1 1 100 a A G,T . . T=2 S:GT 1:1 1 200 . A AGG . . . S:GT 1:1 2 500 . GGT G . . SVTYPE=DEL;SVLEN=2 S:GT 1:1 2 501 . N . . SVLEN=2 S:GT 1:1 2 502 . GGT G . . . S:GT 1:1 2 503 . N . . SVLEN=200 S:GT 1:1 2 510 . A ATT . . . S:GT 1:1 2 600 . GGT G . . SVTYPE=DEL;SVLEN=2 S:GT 1:1 3 6000 . GGT G . . SVTYPE=DEL;SVLEN=2 S:GT 1:1